Η παρακολούθηση της αποτελεσματικότητας και της ποιότητας υλοποίησης των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων γίνεται, σύμφωνα με το άρθρο 12 του ν. 3614/2007, από την Επιτροπή Παρακολούθησης που συστήνεται για το σκοπό αυτό σε κάθε πρόγραμμα.

Στα πλαίσια αυτά, συγκροτήθηκε με υπουργική απόφαση η Επιτροπή Παρακολούθησης του ΠΕΠ Θεσσαλίας - Στερεάς Ελλάδας - Ηπείρου στην οποία εκ περιτροπής προεδρεύουν επί ένα ημερολογιακό έτος, οι Γενικοί Γραμματείς  Βορείου Αιγαίου, Νοτίου Αιγαίου και Κρήτης.

Η  Επιτροπή Παρακολούθησης αποτελείται από εκπροσώπους:

• των αρχών διαχείρισης, συντονισμού και πιστοποίησης
• των ενδιάμεσων φορέων διαχείρισης που διαχειρίζονται τμήματα του Προγράμματος,
• των δημόσιων αρχών, ειδικών υπηρεσιών συντονισμού και της ΜΟΔ Α.Ε.,
• της Ένωσης Νομαρχιακών Αυτοδιοικήσεων Ελλάδας (ΕΝΑΕ) και της Κεντρικής Ένωσης Δήμων και Κοινοτήτων (ΚΕΔΚΕ)
• των οικονομικών και κοινωνικών εταίρων και των μη κυβερνητικών οργανώσεων.  

Επίσης συμμετέχουν χωρίς δικαίωμα ψήφου και εκπρόσωποι της Επιτροπής Δημοσιονομικού Ελέγχου, της Ειδικής Υπηρεσίας Στρατηγικής, Σχεδιασμού  και Αξιολόγησης Αναπτυξιακών Προγραμμάτων, της Ειδικής Υπηρεσίας Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος, της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, της  Ευρωπαϊκής Τράπεζας Επενδύσεων και κοινός εκπρόσωπος των αναπτυξιακών ανώνυμων εταιριών ΟΤΑ της χωρικής ενότητας Θεσσαλίας Στερεάς Ελλάδας και Ηπείρου.